Malacidin được phát hiện bởi các nhà nghiên cứu tại Đại học Rockefeller, đứng đầu là Brad Hover và Sean Brady. Nhóm nghiên cứu đã tìm kiếm kháng sinh liên quan đến daptomycin và tính chất phụ thuộc vào canxi của chúng, nhưng xác định rằng sẽ không thực tế đối với các biến đổi tế bào trong điều kiện phòng thí nghiệm.[4] Thay vào đó, nhóm nghiên cứu đã sử dụng cách tiếp cận di truyền được mở rộng hơn. Họ tập trung vào việc tìm kiếm các nhóm gen tổng hợp sinh học (BGCs) - gen thường được biểu hiện cùng nhau, vi khuẩn sử dụng để tạo ra các chất chuyển hóa thứ cấp. Để làm được điều này, họ chiết xuất DNA từ khoảng 2.000 mẫu đất để xây dựng các metagenomics đã thu được sự đa dạng di truyền của vi sinh vật môi trường. Sau đó, họ đã tạo ra các mồi thoái hoá để khuếch đại các gen tương tự như BGC tạo ra daptomycin bằng phương pháp PCR, sắp xếp các gen khuếch đại và sau đó sử dụng metagenomics để xác nhận rằng những gen này thật sự có thể là loại của BGC mà họ tìm kiếm. Một trong số các BGC mới tìm thấy có khoảng 19% mẫu đất được sàng lọc nhưng không tìm thấy trong các bộ sưu tập vi sinh vật nuôi, do đó họ lấy BGC, đưa nó vào các vi khuẩn ký chủ khác, sau đó phân lập và phân tích các chất chuyển hóa thứ cấp.[4] Nghiên cứu được công bố trong tạp chí Nature Biology vào tháng 2 năm 2018.[7]